在这个电子技术高度发达的世界里,数码宝贝作为GIGO推出的一款游戏流行于孩子们当中。某一天,主角在登陆网络和朋友们聊天的时候,突然收到了一封神秘的邮件,他和朋友们在尝试输入了许多不正确的密码之后,偶尔想到了这个词:RE…Degitize。他们一起同时输入了这个密码,而后被从电脑中涌出的奇怪电子雾包裹住,消失在了现实世界中。
当主角醒来的时候,发现身后出现了一直亚古兽。亚古兽说自己正是主角一直在玩的那款游戏中所养的数码宝贝,而且他们是数码塔的「斗技场」中第三对组合。至于为什么主角会突然出现在这个本应不可能以肉体出现的世界中,亚古兽也不得而知,所以它建议主角和他一起去「はじまりの街」一起去寻找一下可以回到原本世界去的线索。